厚生労働省は、長期入院患者のマイナンバー管理について、「利用者本人による管理が難しくなった場合に備えて、事前に本人の意思を確認しておくことが良い」としている。
(参照:難病対策の基本方針 8月にも正式決定)

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本来、通知カードや個人番号カード申請に際する特定個人情報が記載された書類については、「利用者本人もしくは家族、代理権を持つ代理人」が保管するものであるとされている。しかし、厚生労働省と日本精神科病院協会によると、長期入院をしていて管理が困難であり家族や代理人がいない場合においては医療施設による管理も問題ないとしている。
施設で管理を行う場合は、「個人番号を含む特定個人情報を施設が保管することに対して本人への意思確認をする」、「代理人がいない場合においては予め保管が難しくなった際の対応を確認する」、「特定個人情報が漏洩することのないよう適正に扱う」などが求められている。